После победы над Шреддером черепашки-ниндзя живут в городской квартире Эйприл, неспеша подыскивают новый дом и пачками заказывают пиццу. Однажды Эйприл делает репортаж о компании TGRI. Сплинтер показывает черепашкам разбитый контейнер с надписью TGRI, в котором содержался мутаген, сделавший их мутантами. В это время на свалке из кучи мусора выбирается Шреддер. Клан Фут похищает профессора Джордана Перри и последний контейнер с мутагеном. Шреддер заставляет профессора создать из черепахи и волка мутантов Токка и Разара. Черепашкам предстоит вновь сразиться со Шреддером и остановить распростанение мутагена.